La investigación del Dr. Mercado se enfoca en la ictiología y la limnología. Sus áreas de especialización se centran en la biología y ecología de especies invasoras, especialmente en ecosistemas acuáticos; la biología, ecología y conservación de peces dulceacuícolas; el estudio de relaciones tróficas en sistemas acuáticos, el uso de comunidades biológicas en la evaluación de la salud del ecosistema (biomonitoreo) y la estimación de requerimientos de hábitat para peces en estudios hidrológicos. Aborda también trabajos con anfibios y macroinvertebrados en ambientes acuáticos.